Οι φθινοπωρινές αλλεργίες είναι εξίσου ενοχλητικές με αυτές της άνοιξης και παρά την χρονική διαφορά που τις χωρίζει, έχουν παρόμοια συμπτώματα και αρκετές κοινές αιτίες. Δημιουργούν συνήθως καταρροή στη ρινική κοιλότητα.

Οι περισσότεροι άνθρωποι έχουν συνδέσει την εποχική αλλεργία με την άνοιξη, αλλά ένα μεγάλο ποσοστό του πληθυσμού υποφέρει ιδιαίτερα και το φθινόπωρο. Σύμφωνα με τους ειδικούς τα βασικά συμπτώματα που εμφανίζουν οι αλλεργίες κατά τους μήνες του φθινοπώρου είναι καταρροή, συνάχι, φτέρνισμα, ρινική συμφόρηση, βουρκωμένα μάτια, βήχας, μαύροι κύκλοι κάτω από τα μάτια, άσθμα, κνησμός στη μύτη και στα μάτια και εξάνθημα με κνησμό μετά από έκθεση σε κρύο.

Με την εμφάνιση των πρώτων συμπτωμάτων αλλεργίας, οι γιατροί συνιστούν στους ασθενείς να υποβάλλονται σε αλλεργικό τεστ, ώστε να εντοπιστεί το υπεύθυνο αλλεργιογόνο. Οι πιο πιθανές περιπτώσεις που έχουν αναφερθεί είναι η γύρη από τα αγριόχορτα, των οποίων η αναπαραγωγή τους και η παραγωγή της γύρης διαρκεί μέχρι τον Σεπτέμβρη και τον Οκτώβρη.

Ακόμα τα ακάρεα, αφού η σχετικά υψηλή θερμοκρασία και η υγρασία είναι οι πλέον κατάλληλες συνθήκες για να αναπτυχθούν. Άλλωστε, οι σχολικές αίθουσες διδασκαλίας που έχουν παραμείνει για πολύ καιρό κλειστές, όπως και τα χαλιά ή μοκέτες, τα στρώματα, οι κουρτίνες, τα χνουδωτά παιδικά παιχνίδια αποτελούν κατάλληλο περιβάλλον για την ανάπτυξη των ακάρεων. Αυτά ευδοκιμούν μέσα στη σκόνη των κτιρίων και η ύπαρξη τους δεν εξαρτάται από το πόσο καθαρός είναι ο χώρος.