Ο σχεδιασμός για την παραχώρηση της λειτουργίας της Εγνατίας οδού σε ιδιώτη δεν επιτρέπει, όπως φαίνεται, την εφαρμογή αναλογικών διοδίων. Όπως αναφέρεται σε δημοσίευμα της εφημερίδας «Μακεδονία» το υπουργείο Υποδομών και Μεταφορών αναγκάστηκε να τροποποιήσει τη διάταξη που ψηφίστηκε πριν από δύο εβδομάδες για την εγκατάσταση και τη λειτουργία των αναλογικών διοδίων και να εξαιρέσει τον (ακόμη) δημόσιο αυτοκινητόδρομο. Άλλωστε η διάταξη για την εφαρμογή αναλογικών διοδίων αφορούσε μόνο την Εγνατία οδό και όχι τους υπόλοιπους αυτοκινητόδρομους, οι οποίοι βρίσκονται σε καθεστώς παραχώρησης και οι τιμές διοδίων καθορίζονται από τις συμβάσεις που έχουν οι παραχωρησιούχοι με το δημόσιο.
Η ΚΥΑ του 2014, την εφαρμογή της οποίας ζητούν οι θεσμοί, προβλέπει τη λειτουργία 13 σταθμών διοδίων στον κύριο άξονα της Εγνατίας οδού και πέντε σταθμών στους τρεις κάθετους άξονες, εκ των οποίων δύο στον άξονα Σιάτιστα - Κρυσταλλοπηγή, ένας στον άξονα Χαλάστρας - Ευζώνων και δύο στον άξονα Θεσσαλονίκη - Προμαχώνα. Εφόσον η Εγνατία οδός είναι προς πώληση, η τιμή των διοδίων θα καθοριστεί στη σύμβαση παραχώρησης που θα υπογραφεί με τον ανάδοχο-επενδυτή.
Στην Εγνατία οδό λειτουργούν σήμερα επτά σταθμοί: Τύρια Θεσπρωτίας, Μαλακάσι Τρικάλων, Πολύμυλος Κοζάνης, Μάλγαρα, Ανάληψη Λαγκαδά, Μουσθένη Καβάλας, Ίασμος Ροδόπης. Ο σχεδιασμός του 2014 προβλέπει άλλους έξι στις θέσεις: Παμβώτιδα Ιωαννίνων, Βενέτικος Γρεβενών, Εξωτερική περιφερειακή Θεσσαλονίκης, Ασπροβάλτα, Περιμετρική Καβάλας και Μεστή Έβρου. Στους κάθετους άξονες προβλέπεται να λειτουργήσουν οι εξής σταθμοί: Ιεροπηγή Καστοριάς, Αλιάκμονας Καστοριάς, Εύζωνοι Κιλκίς, Προμαχώνας Σερρών, Στρυμονικό Σερρών.